بهدف إنجاز مهامها، تُحدث لدى التنسيقية الوطنية الهياكل التالية:
- لجنة تنفيذية، تُعهد لها مهمّة الأعمال التحضيرية لصياغة مشروع الاستراتيجية الخماسية، في الآجال التي يضبطها مكتب القيادة المُشتركة، وتتولى إحالة المشروع على مكتب القيادة المُشتركة الذي يتولى بدوره عرضه على التنسيقية الوطنية لمناقشته وتعديله والموافقة عليه في الصيغة النهائية التي تُعرض على الجلسة العامة لمجلس نواب الشعب للمصادقة بمقتضى قانون توجيهي.
وتتولى اللجنة التنفيذية القيام بالأعمال التمهيدية لتسهيل مُتابعة إنجاز الاستراتيجية الخماسية من قبل التنسيقية الوطنية.
- لجنة فنيّة، تتكوّن من خبراء مُحايدينمن غير أعضاء التنسيقية الوطنية تعمل تحت إشراف مكتب القيادة المُشتركة، وتُساعد التنسيقية الوطنية على دراسة وتقييم الاستراتيجية الخماسية التي تُعرض عليها من قبل اللجنة التنفيذية، وتقترح على التنسيقية الوطنية إدخال التعديلات الضرورية على مشروع الاستراتيجية الخُماسية، وذلك في الآجال التي يضبطها مكتب القيادة المُشتركة.
كما تتولى اللجنة الفنيّة إبداء الرأي بخصوص التقييم الذاتي الذي تُنجزه اللجنة التنفيذية بغاية عرضه على التنسيقية الوطنية.
- لجنة مُتابعة وتقييم، تتولى إنجاز تقييم سنوي لمدى تقدّم تنفيذ عناصر الاستراتيجية الخماسية وعرضه على مكتب القيادة المُشتركة.