خلية الأزمة هي خلية تمّ تكوينها بقرار من مكتب المجلس بتاريخ 16 مارس 2020 وتعنى بـ :

- متابعة الوضع العام بالبلاد والمساهمة في مجابهة تداعيات أزمة فيروس الكورونا

- تتم استشارتها من طرف مكتب المجلس من أجل اعتماد الإجراءات الاستثنائية أو جزء منها خلال فترة الحجر الصحي الشامل بمناسبة النظر في مشاريع قوانين ذات أولوية وغير مرتبطة مباشرة بالحالة الوبائية ومواجهتها أو الحد من مضاعفاتها  خلال فترة الحجر الصحي الشامل

- تتولى المهمة الرقابية تجاه الحكومة في أيام عدم انعقاد الجلسات العامة